Rafael Rodríguez Castañeda nació en la Ciudad de México en 1944.
Es licenciado en Periodismo por la unam, profesión que ejerce desde 1965. En 1970 ingresó al periódico Excélsior, dirigido por Julio Scherer García, donde fue sucesivamente redactor, corrector de estilo y reportero. De 1974 a 1975 fue corresponsal del diario en Washington. A su regreso a México se reincorporó a la redacción como coordinador de los corresponsales en el extranjero. Tras el golpe del gobierno de Luis Echeverría contra la dirección de Scherer, en julio de 1976, formó parte del grupo de reporteros y colaboradores que abandonaron la publicación. En noviembre de ese mismo año participó en la fundación de la revista Proceso, de la cual fue nombrado jefe de redacción tres años después, y durante dos décadas ocupó ese cargo. Desde marzo de 1999 es el director del semanario. Es autor de tres libros: El asesinato de Orlando Letelier, Prensa vendida y Operación Telmex.